扶養削除の手続きによって、家族が社会保険・所得税いずれも扶養しない状況になる場合に、家族情報やマイナンバーを削除するか、保持するかは、[共通設定] > [手続き関連設定] の [扶養削除の手続き] で変更できます。
デフォルトでは「削除する」設定になっていますので、家族情報を保持したい場合は、 [共通設定] > [手続き関連設定] の [扶養削除の手続き] 欄で、「家族情報を保持する」を選択してください。
家族情報を保持する場合は、さらに、マイナンバーも保持するか否かの選択ができます。
デフォルトでは扶養しない家族のマイナンバーを保持しない設定になっていますが、 [マイナンバーも保持する] にチェックを入れることで、保持が可能です。