SmartHRには給与所得者の扶養控除等申告書へマイナンバーを非表示（省略）にできる機能がありますが、国税庁では非表示（省略）にするための条件が決められています。
要件が非常に複雑なため、運用は十分にご検討いただき、貴社の状況に応じた対応をお願いします。
マイナンバーを省略できる要件
国税庁の回答は次のとおりです。
Q1-3-2 扶養控除等申告書については、どのような場合にマイナンバー（個人番号）を記載しなくてもよいのですか。（平成28年5月17日追加、令和2年1月6日更新）
（答）
扶養控除等申告書には、基本的には、従業員等のマイナンバー（個人番号）を記載する必要がありますが、給与支払者が扶養控除等申告書に記載されるべき従業員本人、控除対象となる配偶者又は控除対象扶養親族等の氏名及びマイナンバー（個人番号）等を記載した帳簿を備えている場合には、その従業員が提出する扶養控除等申告書にはその帳簿に記載されている方のマイナンバー（個人番号）の記載を要しないこととされました。
なお、この帳簿は、次の申告書の提出を受けて作成されたものに限ります。
1 給与所得者の扶養控除等申告書
2 従たる給与についての扶養控除等申告書
3 給与所得者の配偶者控除等申告書
4 退職所得の受給に関する申告書
5 公的年金等の受給者の扶養親族等申告書
6 所得金額調整控除申告書また、給与支払者が備えている帳簿に記載された従業員等の氏名又はマイナンバー（個人番号）と提出する扶養控除等申告書に記載すべき従業員等の氏名又はマイナンバー（個人番号）とが異なる場合には、マイナンバー（個人番号）の記載を不要とする取扱いをとることはできません。
（注） 1 この取扱いは、平成29年1月1日以後に支払を受けるべき給与等に係る扶養控除等申告書から適用できます。
2この取扱いは、「従たる給与についての扶養控除等申告書」、「給与所得者の配偶者控除等申告書」、「退職所得の受給に関する申告書」、「公的年金等の受給者の扶養親族等申告書」及び「所得金額調整控除申告書」についても同様です。
上記をふまえ、マイナンバーを省略できる方法を図解すると以下の2パターンです。
1.「提出済みのマイナンバーと相違ありません」の署名と押印が不要でマイナンバーを省略できるパターン
マイナンバーが記載された給与所得者の扶養控除等申告書等の税務書類（※1）を元に、マイナンバーの帳簿を作成した場合
2.「提出済みのマイナンバーと相違ありません」の署名と押印があることでマイナンバーを省略できるパターン
上記の帳簿作成方法以外で運用されている場合
- 例
- 税務書類（※1）の提出とマイナンバーを別々に回収している。
- 先にマイナンバーの帳簿を作っている。
※1 税務書類とは下記の書類です。
- 給与所得者の扶養控除等申告書
- 従たる給与についての扶養控除等申告書
- 給与所得者の配偶者控除等申告書
- 所得金額調整控除申告書
- 退職所得の受給に関する申告書
- 公的年金等の受給者の扶養親族等申告書
SmartHRの状況
SmartHRによる入社の手続き、マイナンバー管理をご利用の場合は、上記【 2.「提出済みのマイナンバーと相違ありません」の署名と押印があることでマイナンバーを省略できるパターン】 に該当します。
SmartHRのマイナンバー非表示の機能を設定している場合でも、あとから「表示」の設定に変更することで、書類にマイナンバーを表示させられます。